После окончание университета работал в АО Концерн АВЭК и Ко. Затем в 2006 году перешёл на работу в Харьковский метрополитен и уже в апреле 2006 года был назначен начальником Харьковского метрополитена. В январе 2008 года был отстранён от работы, но в августе 2008 решением Верховного Суда Украины Сергей Мусеев был восстановлен в должности начальника ГП Харьковский метрополитен, и в ноябре вновь вступил в должность. Так же одновременно являлся Председателем Ленинской районной Харьковской организации Партии регионов. Погиб в ДТП 25 августа 2010 года. Авария произошла на территории Херсонской области (Мусеев следовал в отпуск в Крым), погиб также замначальника ГП Горэлектротранс Евгений Ли, ехавший в одном автомобиле с Сергеем Мусеевым. В результате нарушения ПДД находившимся за рулем Мусеевым его Мерседес S-600 во время обгона с превышением скорости на встречной полосе лоб в лоб столкнулся с автомобилем Хюндай. Все находившиеся в Мерседесе погибли; от него осталась груда металла (автомобиль восстановлению не подлежит). Подушки безопасности в Мерседесе не сработали.[1] Находившиеся в другом автомобиле трое людей (семья, возвращавшаяся из отпуска) попали в больницу. Похоронен на Втором городском кладбище Харькова по ул. Пушкинской 27 августа 2010 года.

Генеральный директор коммунального предприятия Харьковский метрополитен Сергей Мусеев погиб в автокатастрофе, сообщает в четверг сайт харьковского метрополитена. Подробности ДТП не сообщаются. Сергей Зинятович Мусеев родился 21 июля 1960 года. Окончив в 1982 году Донецкий государственный университет, прошел путь от начальника производственного отдела КП Харьковкоммунпромвод до руководителя харьковского метрополитена. Всего за несколько лет Мусеев вывел предприятие в лидеры отрасли, сделал его первым среди сотен тысяч транспортных предприятий Украины и СНГ, главным звеном системы городского транспорта Харькова. Сергей Мусеев был почетным работником транспорта Украины, академиком Инженерной академии Украины. За весомый вклад в развитие транспорта Мусеев был награжден Почетной грамотой Кабинета министров Украины, благодарностью Министерства транспорта и связи Украины, Орденом За высокий профессионализм, Орденом Лидер отрасли, Орденом Святого Николая Чудотворца І степени, Почетным знаком отличия Харьковского областного совета Слобожанская слава. 26 августа 2010 года стало известно, что 25 августа Мусеев погиб в автокатастрофе на трассе Харьков - Херсон.

Награды   Почётный работник транспорта Украины,   Почётная грамота Кабинета министров Украины   Орден За высокий профессионализм   Орден Лидер отрасли,   Благодарность Министерства транспорта и связи Украины   Орден Святого Николая Чудотворца І степени,   Почётный знак отличия Харьковского областного совета Слобожанская слава

Коллектив Харьковского метрополитен признал нового начальника Геннадия Броншпака, так сегодня заявил сам Броншпак. И только отдельные сотрудники, так называемые сторонники прежнего начальника, а их не более 10-ти, продолжают препятствовать ему в выполнении обязанностей Харьковский метрополитен, как заявил сегодня его руководитель Геннадий Броншпак, работает в нормальном режиме. Однако периодически случаются попытки отдельных сотрудников, преимущественно сторонников прежнего начальника подземки Сергея Мусеева, дестабилизировать ситуацию. На сегодня есть постановление суда - не препятствовать Броншпаку выполнять обязанности начальника метро. Весь коллектив, отметил Броншпак, признал его как руководителя и только экс-руководитель Сергей Мусеев считает, что незаконно был снят с должности. Он также обратился в суд. Геннадий Броншпак, нач. ГП Харьковский метрополитен: Как известно Мусеев был снят с должности начальника в связи с заявлением КУ комиссии. Характерно, что в суд он подал заявление в котором не оспаривает выводы КРУ, а жалуется на то, что его уволили, когда он находился на больничном. Подтвердить эту информацию у Сергея Мусеева не было возможности, на телефонные звонки он сегодня не отвечал. Впрочем, в суде Киевского района подтвердили, что заявление Мусеева будет рассматриваться во вторник. Геннадий Броншпак уверен, что конфликт и непонимание со сторонниками Мусеева будет исчерпано. Так же, как и конфликт с машинистами, которые заявляли, что во времена, когда подземку возглавлял Мусеев, их уволили незаконно. Сейчас работает согласительная комиссия и до 25-го апреля, по словам Броншпака, с ними будет подписано мировое соглашение.