На службу в органы внутренних дел Николай Фоменко пришел в 1987 году. Работал на различных должностях в следственных подразделениях ОВД, руководил работой территориальных подразделений милиции. Также назначался на руководящие должности аппарата Главного управления - возглавлял работу штаба и криминального блока милиции. В последнее время Николай Фоменко руководил работой криминального блока милиции Харьковского городского управления внутренних дел.