Родился 20 февраля 1963 года в Киеве в семье строителя. В школе Юрий Поляченко учился в одном классе с Дмитрием Табачником, Вице-премьером Украины по гуманитарным вопросам в правительстве Николая Азарова. В 1986 году окончил Киевский медицинский институт по специальности Лечебное дело. В 1996-м получил звание кандидата медицинских наук. В 2002-м защитил докторскую диссертацию по специальности Травматология и ортопедия. По окончании мединститута работал научным сотрудником Киевского НИИ ортопедии (до 1994 года). В дальнейшем - заместителем главврача медчасти корпорации Киевгорстрой, директором Международного лечебно-оздоровительного центра в Республике Куба, главврачом медчасти Киевгорстроя. С марта 1999 года - на руководящих постах Минздрава. Был заместителем министра, первым заместителем Государственного секретаря, Госсекретарем, первым заместителем министра.

Будучи главой Минздрава Юрий Поляченко утверждал, что на сегодня медицина - единственная сфера, которая в рыночной экономике Украины занимает нерыночную позицию. Признавал, что есть серьезная проблема с налаживанием контроля над эпидемиями туберкулеза и СПИДа.Считал справедливой критику относительно приостановки кредитов Мирового банка, выделенных для решения этого вопроса. Констатировал, что еще не удалось победить коррупцию в разрешительной системе Минздрава и что на местах Министерство не в силах контролировать качество медпомощи в частных структурах. Ю.Поляченко - сторонник национальной системы здравоохранения Украины, главный принцип которой - бюджетно-страховая медицина. При этом считал, что при возникновении отношений типа страховой агент - пациент - врач должна быть создана Государственная медицинская инспекция, которая будет контролировать работу бюджетных и частных медучреждений, в частности, в интересах пациентов. Выступал за принятие Медицинского кодекса и Кодекса медицинской этики, введение четких медицинских стандартов. Деятельность Юрия Поляченко на посту главы МОЗ не отличалась радикальными и скандальными решениями и нововведениями.Хотя сам министр и обещал, что скандалы (то есть резонансные решения) будут, поскольку этого требует реформирование отрасли. Осенью 2006-го Наша Украина, не договорившись сПартией регионово создании широкой коалиции без участия коммунистов, решила отозвать из правительства оранжевых министров. Поляченко в числе других коллег написал заявление об отставке. Однако немного позже неожиданно для многих решил его отозвать, заявив, что не воспринимает перехода НУ в оппозицию, что был и остается сторонником широкой коалиции и хочет продолжить работу на посту министра, поскольку более полезен обществу он будет там, а не в большой политике. Впрочем, уже 23 марта 2007 года был уволен. По словам Премьера Виктора Януковича, Юрий Поляченко написал заявление по собственному желанию в связи с запланированным переходом на должность директора Института хирургии и трансплантологии Академии медицинских наук Украины им.Александра Шалимова.В тот же день парламентское большинство утвердило на посту главы Минздрава Юрия Гайдаева, до тех пор работавшего заместителем министра.

В первый раз, 11 октября 2005-го, на пост главы МОЗ (в правительстве Юрия Еханурова) Поляченко пришел с должности советника ПрезидентаВиктора Ющенко. Сохранил за собой кресло министра и в новом правительстве (Виктора Януковича): в августе 2006-го был назначен Верховной Радой по квоте блока политических партий Наша Украина.