Родился 19 февраля 1955 года в с. Марково Комсомольского района Ивановской области. Окончил Харьковское высшее военное авиационное училище в 1976 году, Военно-воздушную академию имени Ю. Гагарина в 1987 году и факультет подготовки специалистов оперативно-стратегического уровня Национальной академии обороны Украины в 1999 году. <br /><br />Офицерскую службу начал на должности летчика истребительного авиационного полка в городе Береза Брестской области. Проходил службу на должностях начальника штаба эскадрильи, командира звена. В 1980 году направлен для прохождения службы в Северную группу войск в Польшу, в авиагарнизон Хойна. С должности заместителя командира эскадрильи - штурмана поступил в Военно-воздушную академию имени Ю. Гагарина. После окончания академии направлен в село Какайты Сурхан-Дарьинськой области на должность командира 1-й эскадрильи истребительного авиационного полка. Часть дислоцировалась в 60 километрах от Термеза, вблизи афганской границы. Почти за полтора года командир эскадрильи выполнил 98 боевых вылетов в Афганистан. <br /><br />В октябре 1988 года эскадрилья Байдака Ю.А. первой прошла практическое переобучение на самолет МиГ-29. Уже через год был назначен на должность заместителя командира полка по летной подготовке, а затем - заместителя командира полка. В 1990 году направлен в Западную группу войск в Германии (город Альтембург). В июне 1992 года назначен на должность заместителя командира Староконстантиновского истребительного авиаполка. 16 июля офицер принял Военную присягу на верность Украинскому народу. Осенью этого же года назначен командиром части. В 1995 году занял должность заместителя командира истребительной авиадивизии. С декабря этого же года - командир Ивано-Франковской истребительной авиационной дивизии. <br /><br />После воздушного парада над Крещатиком, посвященного 5-й годовщине Независимости Украины, где принимали участие экипажи подчиненных ему полков, полковнику Юрию Байдаку присвоено звание генерала. В 1999-2002 годах занимал должность заместителя командующего, а с 2002 по 2004 год - командующего 5-го авиационного корпуса. С 2004 по 2006 год - командир воздушного командования Юг Воздушных Сил ВС Украины. С июля 2006 по июнь 2012 года - начальник Центра планирования использования воздушного пространства Украины и регулирования воздушного движения Государственного предприятия обслуживания воздушного движения Украины. Указом Президента Украины № 386/2012 от 8 июня 2012 назначен на должность командующего Воздушных Сил Вооруженных Сил Украины. Военный летчик 1-го класса. Освоил 4 типа самолетов. <br /><br />Общий налет - более 2500 часов. За добросовестную и безупречную службу награжден многими орденами, медалями, знаками отличия Министерства обороны Украины.