Родился 2 мая 1974 в Кривом Роге Днепропетровской области. Отец Ивана Баканова учитель химии и биологии.

Друг детства президента Владимира Зеленского. Они жили в одном подъезде, учились в одной школе, а позже — в Криворожском экономическом институте КНЭУ имени Вадима Гетьмана, Зеленский — на юриста, Баканов — на ревизора.

В 2006 году окончил Академию труда и социальных отношений Федерации профсоюзов Украины, специальность — "Суд, адвокатура и прокуратура". 

С 25 января 2013 — руководитель ООО "Квартал 95", а с  27 декабря 2013 — руководитель ООО "Студия Квартал-95". 

На имя Ивана Баканова зарегистрированы компании ООО "Студия Квартал-95" и ООО "Квартал-95". Их основатель и конечный бенефициар — "Грин Фемили" Лтд (Green Family Ltd) — зарегистрирован на Кипре, в Никосии. Там указаны два руководителя — Оксана Лазаренко (жена Ивана Баканова) и Марина Разомова-Георгиу.

С 2 декабря 2017 по 27 мая 2019 года — глава партии Слуга народа.

В президентской предвыборной кампании 2019 Иван Баканов — глава предвыборного штаба кандидата в президенты Украины Владимира Зеленского.

22 мая 2019 года Иван Баканов назначен первым заместителем председателя Службы безопасности Украины и начальником Главного управления по борьбе с коррупцией и организованной преступностью Центрального управления СБУ.

В конце мая - начале июня 2019 года Иван Баканов получил воинское звание лейтенанта. Сделано это было для того, чтобы Баканов получил возможность быть назначенным на должность первого заместителя председателя Службы безопасности.

С 28 мая 2019 член СНБО. С 3 июня 2019, на время отпуска Василия Грицака, временно исполняющий обязанности главы СБУ.

29 августа 2019 года временно исполняющий обязанности главы СБУ Иван Баканов утвержден на должности главы СБУ.

17 июля 2022 года президент Владимир Зеленский отстранил Ивана Баканова от должности главы Службы безопасности Украины.

19 июля 2022 года Верховная Рада уволила Ивана Баканова с должности главы Службы безопасности Украины.

Женат. Жена - Оксана Лазаренко, гражданка РФ. У супругов двое сыновей: старший Артур (с 2014 года по 2018 студент КНЭУ им. Вадима Гетьмана) и младший сын Степан, школьник.